1月职工代表大会，审议并通过了“1999年天津药物研究进一步改革工作意见”等三个报告。

3月15日  SDA199812月21日以药管办[1998年]67号文，1999年3月15日以药管办[1 999] 68号文批准我院制剂中心实验楼项目，同意我院兴建制剂中心工程。建筑面积8200平方米。总投资1500万元。天津医药集团支持1000万元。

3月15目  单硝酸异山梨酯及其片剂、尼美舒利及其片剂、硝苯地平固体分散剂、盐酸奥昔布宁及其片剂、盐酸奥昔布及其片剂、药代动力学数据库《有毒中草药彩色图鉴》分别获国家医药局科技进步三等奖。

3月我院获天津市科委1996～1998年全市科技成果管理工作二等奖。

3月30日召开职工代表大会，审议1998年天津药物研究院财务决算及1999年财务预算等三个报告。

4月在第六届全国科技文献检索出版物评比中《中文科技资料目录一中草药》获三等奖。

9月27日  迎国庆、迎院庆四十周年学术论文报告会召开，收集论文86篇，评选优秀论文34篇。

10月22日  院四十周年庆祝大会在天津宾馆举行。出席大会的有人员有一千多人。大会总结了药物院四十年来的成就。在院庆期间举办了学术报告会。

12月8日  天津市梁肃副市长来院考察，指导工作。市科委、市经委及市医药集团公司领导参加。

12月23日  召开职工代表大会，通过了我院整体进入天津医药集团有限公司。

12月  与天津中医学院共同签署“天津中医学院、天津药物研究院联合申报中药专业硕士点协议”。

12月30日  申报新药证书10项，申报新药临床12项，取得新药证书14个，取得临床批文6个。